Yoann Moulin commence son apprentissage de la musique avec Robert Weddle au sein de la Maîtrise de Caen. Il y découvre le clavecin qu’il étudie avec Bibiane Lapointe et Thierry Maeder et poursuit après un passage à l’académie de Villecroze avec Ilton Wjuniski ses études au Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Paris dans les classes d’Olivier Baumont, Kenneth Weiss et Blandine Rannou. À cette même époque, il découvre le clavicorde grâce à Étienne Baillot, l’orgue en autodidacte, l'improvisation aux côtés de Freddy Eichelberger et profite de l’enseignement de Pierre Hantaï, Skip Sempé, Blandine Verlet et Élisabeth Joyé.
Il joue depuis en récital et en musique de chambre dans différentes saisons et festivals comme la Philharmonie de Paris, La Roque d'Anthéron, les Folles Journées de Nantes, Oude Muziek - Utrecht, Ambronay, la Fondation Royaumont, Lanvellec, Contrepoint 62, le Venetian Center for Baroque Music, le Cervantino - Mexique, la Chaise-Dieu, le Palais Jacques Coeur - Bourges, l'Académie Bach d'Arques-la-Bataille, Saint Riquier, la Philharmonie du Luxembourg, le festival Actus Humanus en Pologne ou le festival International Tropical Baroque à Miami. Il accompagne aussi plusieurs ensembles tels que les Arts Florissants, le Concert Spirituel, l'ensemble Clément Janequin, Cappricio Stavagante, la Fenice, le consort de violes L'Achéron, le Concert Étranger, la Tempête, la Maîtrise du Centre de Musique Baroque de Versailles, les Musiciens du Paradis, la compagnie de danse baroque Les Fêtes Galantes, Das Klub - Cabaret Contemporain ou le collectif de Jazz La Forge.
Il participe à plusieurs enregistrements pour les labels Alpha et Ricercar, dont "Au Sainct Nau" avec l'ensemble Clément Janequin. Les "Ludi Musici" de Samuel Scheidt gravés avec l'Achéron et "The Tempest" disque autour de la pièce de William Shakespeare avec l'ensemble la Tempête ont été récompensés tous deux par un Diapason d'or. Enfin, Freddy Eichelberger, Pierre Gallon et Yoann Moulin ont récemment fondé "Une Bande de Clavecin", un consort de claviers anciens réunis autour de la musique de la Renaissance écrite et improvisée.
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